Окончила филологический факультет Московского государственного педагогического института им. В. И. Ленина (ныне МПГУ), получив квалификацию «Учитель русского языка и литературы».

В 1991 году Н.Е. Кутейникова защитила кандидатскую диссертацию на тему «Работа над устным и письменным отзывом как средство совершенствования речи учащихся на уроках литературы». В этой работе она показала, что отзыв — это не формальное упражнение, а важный механизм развития мышления и речи: через осмысленное высказывание о прочитанном ребёнок учится формулировать свою позицию, выстраивать аргументацию и глубже понимать художественный текст.

Её профессиональный путь тесно связан с филологией и педагогикой.

Творческий путь Натальи Евгеньевны — это соединение науки, методической практики и живого диалога со школой. Её подход всегда строился на том, чтобы убрать дистанцию между школьником и книгой и дать учителю понятные и работающие инструменты.

Н.Е. Кутейникова последовательно изучает, как современные дети и подростки взаимодействуют с текстами, что удерживает их внимание, как формируется читательская самостоятельность. Среди ключевых тем её исследований:
— формирование читательской компетенции и осмысленного чтения;
— особенности восприятия школьниками произведений о Великой Отечественной войне;
— работа с научно-познавательной литературой как способ развития логического мышления и кругозора;
— современная детско-подростковая проза и её воспитательный, социализирующий потенциал.

Её статьи выходили в профильных изданиях («Литература в школе», «Филология и культура» и др.) и предлагали не абстрактные рассуждения, а конкретные ориентиры для учителя: как обсуждать сложные темы, как поддерживать интерес к чтению вне программы, как помочь подростку найти «свою» книгу.

Теория у Кутейниковой всегда переходит в практику. Среди значимых работ:
— Серия учебников для начальной школы «Литературное чтение на родном (русском) языке» (в соавторстве с Ольгой Синёвой) — проект, который с первых школьных лет выстраивает у ребёнка бережное отношение к родной словесности.
— Учебное пособие «Формирование читательской компетенции школьника. Детско-подростковая литература XXI века», которое помогает педагогам работать с современными текстами.
— «Навигатор по современной отечественной детско-подростковой и юношеской литературе: методические рекомендации» — практическое руководство по выбору книг и включению их в учебный процесс.
— Методические разработки для 6–9 классов, где собраны приёмы знакомства школьников с новыми произведениями.

В этих пособиях виден её главный принцип: чтение должно быть осмысленным и личностно значимым, а учитель — не контролёром «прохождения программы», а проводником, который помогает ребёнку услышать в книге живой голос.

Н.Е. Кутейникова работала доцентом в Московском городском педагогическом университете, где готовила будущих учителей-словесников и формировала у них современное методическое мышление. В 2023 году занимала должность методиста и заведующей кафедрой филологии в ГБОУ «Школа им. В. В. Маяковского» в Москве — здесь её идеи напрямую влияли на школьную практику.

Как методист она много внимания уделяет тому, чтобы учитель чувствовал себя уверенно в мире современной литературы, умел выбирать книги для класса, выстраивать дискуссии и поддерживать интерес ребят к чтению за рамками обязательной программы.